Als funktionelle Gruppe wird in der organischen Chemie eine Atomgruppe bezeichnet, welche die Stoffeigenschaften und das Reaktionsverhalten nachhaltig beeinflusst. Moleküle mit gleichen funktionellen Gruppen haben oft ähnliche Eigenschaften.
Im Namen eines Moleküls taucht nach IUPAC ein Präfix oder ein Suffix auf, welches die speziell vorliegende Gruppe anzeigt. Neben den durch Atom definierten Gruppen (z.B. –COOH, Säuregruppe) gelten auch Mehrfachbindungen als funktionelle Gruppen und werden dementsprechend in der Molekülbezeichnung mit genannt.